Mroczny Chór
Mroczny Chór przemierza kosmos od zarania dziejów, w milczeniu obserwując nieszczęścia wszechświata. Gdy w końcu usłyszał krzyk agonii galaktyki Endless, postanowił pospieszyć cierpiącym z pomocą.
Przez całą grę Mroczny Chór posiada tylko jeden ukryty system. Frakcja ta może jednak rozszerzać swoje wpływy i zasilać swoją ekonomię, budując bezimienne sanktuaria w neutralnych lub wrogich systemach. Mroczny Chór opiera się na swojej zdolności do pozostawania w ukryciu oraz na zaawansowanym wykorzystaniu hakowania.
Hakowanie
W widoku skanowania gracz może rozpocząć operację hakerską w należącym do niego systemie, jako cel wybierając inny system. Podczas trwania operacji hakerskiej gracz i jego cel mogą stosować programy obronne lub ofensywne, aby wpłynąć na jej postęp. Jeżeli hakowanie zakończy się sukcesem, atakujący może wybrać jeden spośród kilku potencjalnie zgubnych dla przeciwnika efektów.
Niewidzialność
Penumbra wprowadza także nowe moduły niewidzialności, które umożliwiają twoim flotom przemierzanie wrogiego terytorium i unikanie wykrycia. Istnieje jednak kilka poziomów niewidzialności, a działanie modułów można neutralizować za pomocą modułów wykrywania.
